События второго сезона разворачиваются сразу за первым, после летних каникул в последнем семестре обучения Томоя в старшей школе.
Томоя [岡崎 朋也] признался в любви Нагисе [古河 渚], и теперь у них началась совместная жизнь. Но как не бывает света без тени, так не бывает и счастья без горя. Впереди героев ждут тяжелые испытания и потрясения...