Ещё будучи ребёнком, Сиро Эмия [衛宮士郎] теряет своих родителей в огромном и необъяснимом пожаре. Его спасает, а затем и принимает в свою семью, человек по имени Кирицугу Эмия [衛宮切嗣], утверждающий, что он — маг. Из разговоров семьи, Сиро узнаёт о неудачном стремлении своего отца стать «Героем справедливости», защитником человеческого рода, оберегающим слабых и невиновных. Проникшийся идеями Кирицугу, Сиро намеревается посвятить свою жизнь помощи людям и умоляет приёмного отца научить его магическому искусству, но оказывается бездарным практически во всех фундаментальных магических дисциплинах.
В один прекрасный день Сиро становится свидетелем сражения между двумя невероятно могущественными людьми и непреднамеренно вызывает девушку в сияющих латах ради защиты своей жизни. Позже он узнаёт, что этот конфликт, известный как «Война за Святой Грааль», включает в себя цепочку сражений между семью могущественными магами. Маги могут вызвать «Слуг», героических духов древности, чтобы те сражались за них в битве за обладание реликвией, исполняющей желания, Святым Граалем.
История вращается вокруг Сиро, его затруднительного положения в войне за Святой Грааль и его личной битвы за отстаивание своих идеалов.